Koko ruoansulatuskanava suusta peräsuoleen sisältää vaihtelevan määrän bakteereja. Vatsalaukussa bakteereja on vain vähän. Niiden määrä lisääntyy, kun kuljetaan alemmaksi suolistoon. Korkeimmillaan bakteerimäärä on paksusuolessa, jossa on noin 100–1000 miljoonaa mikro-organismia grammassa suolen sisältöä.
On arvioitu, että normaali suolistofloora koostuu 400–500 eri mikrobilajista. Aikuisilla mikrobimassa painaa noin 1 kg ja mikrobeja on noin 10 kertaa enemmän kuin ihmisessä on soluja.
Lapsen suolisto on steriili syntymähetkellä, mutta jo ensimmäisen elinviikon aikana lähinnä äidistä peräisin olevat bakteerit asettuvat lapsen suolistoon. Kestää noin kaksi vuotta ennen kuin lapsen suolistofloora on verrattavissa aikuiseen flooraan.
Eri mikrobit elävät suolistossa samanaikaisesti tasapainossa toistensa kanssa kilpaillen ravinnosta ja elintilasta. Kun tämä tasapaino häiriintyy esimerkiksi sairauden, lääkkeiden, ruokailun muutoksen tai stressin vuoksi, saavat haitalliset bakteerit mahdollisuuden lisääntyä ja aiheuttaa sairauksia.
Suolistomikrobiston tärkein tehtävä on suojata elimistöämme ulkoa tulevilta uhilta ja säädellä haitallisten yhdisteiden ja bakteerien pääsyä elimistöömme. Suolistobakteerit tuottavat vitamiineja sekä tiettyjä happoja. Alhaisempi pH edistää ravintoaineiden imeytymistä.